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Michael, T-Bag, Mahone, e Bellick estão presos em uma prisão chamada Sona. Sara desaparece juntamente com LJ, que estão de reféns de uma agente da companhia chamada Gretchen, pois Michael foi colocado em Sona de propósito, com a missão de fugir de lá com James Whistler, um homem que a companhia quer do lado de fora. Nesse meio tempo, Michael tem conteúdo com o chefão da prisão Lechero (traduzido "Luchero", em português, pela Fox Film do Brasil). Gretchen dá orientações a Lincoln, dizendo que Michael tem sete dias para fugir de Sona, ou Sara e LJ serão executados. Sofia é a namorada de Whistler, e está disposta a ajudar Lincoln a salvar os seus entes queridos. Sucre começa a trabalhar de coveiro em Sona, para ajudar Michael a fugir.

Após uma tentativa de Lincoln resgatar Sara e LJ, uma caixa é enviada para Lincoln com a cabeça de Sara. Michael, para fugir da prisão, faz alianças com Bellick, Mahone e Lechero (que se junta a eles por estar perdendo o poder lá dentro). No fim, Michael consegue fugir de Sona através de um túnel junto com Mahone, Whistler e McGrady (um jovem jogador de basquete que ele conheçeu lá), deixando para trás Lechero, Bellick e T-Bag. Sucre, mesmo sendo preso, pois T-Bag o entrega, não revela o paradeiro deles. Michael resolve utilizar Whistler em uma troca por LJ, mas Whistler foge, logo depois Lincoln consegue captura-lo.

Michael e Lincoln fazem a troca de Whistler por LJ. Whistler se junta a Gretchen e contratam Mahone para trabalhar com eles. Lincoln resolve ficar com LJ e Sofia no Panamá, e Michael vai para os Estados Unidos atrás de vingança contra Gretchen e a companhia pela morte de Sara. Enquanto isso, T-Bag mata Lechero, e se torna o novo chefão de Sona.