Ainda em 1956, Pelé foi levado para treinar no Santos F.C., pelo também jogador, Waldemar de Brito. Em jogo treino, Pelé fez quatro gols, onde seu time ganhou de 6 a 1.
Sua primeira partida oficial foi no dia 7 de setembro de 1956, em um jogo amistoso entre Santos e Corinthians. O resultado foi de 7 a 1 para o Santos, com dois gols de Pelé. Na contagem de 1000 gols da carreira, este foi o primeiro oficializado. Pelé levou o Santos a conquistar mais de quarenta títulos. Em 1974 fez o seu último jogo com a camisa do Santos.