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A passagem para a libertação de Lúcifer é aberta, e surge uma grande luz onde escorreu o sangue do último selo. Dean e Sam se desesperam, tentam fugir mas a porta é trancada. Eles estão presos e não têm como fugir, a luz continua aumentando e um som alto e agudo é ouvido. De repente eles acordam num avião, vendo a abertura da porta de Lúcifer de cima, que causa um grande clarão e pane. No outro dia, estão em um carro ouvindo notícias ruins, ja que começou o apocalipse. Eles vão atrás do profeta Chuck, que afirma que os arcanjos explodiram Castiel e pressente que os anjos vinham chegando.

Zacariah chega à casa de Chuck e afirma que os anjos precisam agora de Dean antes que Lúcifer encontre seu receptáculo (o corpo que foi escolhido para que ele o possuísse. Depois de alguns episódios, descobre-se que Sam é o receptáculo de Lúcifer). Dean se recusa a ajudá-los e consegue escapar.

A Quinta temporada foca-se em uma batalha entre o céu, o inferno e a humanidade. Lúcifer tentando achar Sam e libertando os Cavaleiros do Apocalipse e Zacariah a procura de Dean para entregá-lo a Miguel. Castiel a procura de Deus e os irmãos tentando achar uma maneira de parar com o apocalipse, às vezes tomando decisões que vão contra tudo o que eles acreditam.

No decorrer da temporada eles encontram o arcanjo Gabriel, que aliás é uma cara conhecido em Supernatural, que lhes da uma chance de derrotar Lúcifer, e os arcanjos Rafael e Miguel. No final da temporada Lúcifer mata Gabriel e Sam diz Sim a Lúcifer tendo como plano controlá-lo. Sam não consegue controlar Lúcifer e dominado por Ele, acaba por matar Castiel por atrapalhar sua luta com Miguel, e também Bobby. Só que antes que Miguel volte e que ele mate Dean, Sam consegue recobrar a consciência e junto com Miguel acaba preso no inferno. Dean consegue escapar,mas ele já não é o mesmo.

Assim como toda temporada o transporte de Dean e Sam, o Chevy Impala, fica com o papel principal (ou seja de toda a temporada), o destaque este relatado pelo profeta Chuck onde o Chevy é de suma importância no entrave entre Sam (possuído por Lúcifer) que por ventura retoma o controle do seu corpo por inúmeras lembranças do passado.