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Sam e John se recuperam do acidente, mas Dean está esta em coma e o medico diz para Sam que suas chances de sobreviver são poucas , levando John a fazer um pacto com o demônio do Olho Amarelo (Mais tarde descobre-se que seu nome é Azazel), que matou Mary, dando-lhe o Colt e a sua alma em troca da vida de Dean. No decorrer da temporada, torna-se claro que o Olho Amarelo tem grandes planos para Sam. Na noite em que Mary morreu e Sam foi infectado com sangue, que era de demônio, Sam adquiriu habilidades psíquicas desenvolvidas nesta temporada. Mas Sam não foi o único, havia outras crianças. Quando John fez o pacto com o Olho Amarelo, houve uma conversa e John já sabia os planos para as “crianças videntes”, tanto que antes de morrer, no hospital, John se debruça até o ouvido de Dean e pede para que ele salve Sam, caso não conseguisse, deveria matá-lo, como Dean revelou para Sam no episódio 10, Hunted.

Os irmãos também conhecem Ellen, Jo, Ash e Bobby, velhos amigos da família, que os ajudam em caçadas. No penúltimo episódio desta temporada, o Olho Amarelo reúne todas as “crianças videntes” em uma vila abandonada para que lutem entre si, até que haja apenas um sobrevivente. Sam é morto por Jake, o vencedor, sucumbindo nos braços de Dean. Para ressuscitar Sam, Dean vende a alma. Ao descobrir que o vencedor entre as “crianças videntes” terá de abrir um Portal do Inferno, Sam e Dean, juntamente com Bobby e Ellen, tentam impedir Jake de abrir o Portal, mas não conseguem, e são libertos vários demônios, entre eles estão Ruby, Alastair e Lilith, (na 4ª temporada é revelado que Azazel, queria libertar Lilith para que esta rompa os 66 selos e libertar Lúcifer) . Quando o Olho Amarelo estava prestes a matar Dean, John sai do Portal do Inferno e o impede(abraçando a forma demoníaca de Azazel e o retirando do corpo de seu receptáculo) Quando Azazel volta para o corpo do seu receptáculo, Dean atira com o Colt no ombro dele, o matando, definitivamente. John consegue sair do inferno, mas não se sabe para onde ele foi.