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Em 2014, Peter Quill, Gamora, Drax o Destruidor, Rocket e Baby Groot são conhecidos como Guardiões da Galáxia. Ayesha, líder da raça Soberana, contrata os Guardiões para proteger valiosas baterias de um monstro inter-dimensional em troca da irmã de Gamora, Nebulosa, que foi pega tentando roubá-las. Depois que Rocky rouba algumas baterias, os Soberanos atacam a nave dos Guardiões com uma frota de drones. Esses drones são destruídos por uma figura misteriosa, mas os Guardiões são forçados a cair em um planeta próximo. A figura revela-se como o pai de Quill, Ego, que o convida, acompanhado por Gamora e Drax, para sua casa, enquanto Rocket e Groot ficam para trás para consertar a nave e vigiar Nebulosa.

Enquanto isso, Ayesha contrata Yondu Udonta e sua tripulação, que foram exilados da comunidade dos Saqueadores por tráfico de crianças, para recapturar os Guardiões. Eles capturam Rocket, mas quando Yondu mostra relutância sobre Quill, seu tenente Taserface organiza um motim com a ajuda de Nebulosa. Taserface aprisiona Rocket e Yondu a bordo da nave de Yondu e executa suas leis, enquanto Nebulosa sai para localizar e matar Gamora, a quem ela culpa por toda a tortura infligida a ela por seu pai, Thanos. Enquanto preso, Rocket e Yondu chamam Groot que juntamente com o companheiro de Yondu, Kraglin, libera ambos e destroem a nave e sua tripulação e assim escapam, mas não antes de Taserface informar a localização deles à frota Soberana.

Ego explica que ele é um dos Celestiais divinos, e que existe na forma do planeta em que eles estão. Ele assumiu uma aparência humana para viajar pelo universo e interagir com outras espécies, eventualmente conhecendo e se apaixonando pela mãe de Quill, Meredith. Depois da morte de Meredith, Ego pagou Yondu para trazer o jovem Quill, mas Yondu nunca entregou o menino, e Ego estava procurando por seu filho desde então. Ele ensina Quill a manipular o poder Celestial dentro do planeta. Nebulosa chega ao planeta de Ego e tenta matar Gamora, mas falha e, finalmente, as duas formam uma aliança depois de descobrirem esqueletos nas cavernas do planeta. Ego revela a Quill que em suas viagens a milhares de mundos, plantou mudas capazes de transformá-las em novas extensões de si mesmo, mas elas só poderiam ser ativadas pelo poder de um segundo Celestial. Para esse fim, engravidou inúmeras mulheres e contratou Yondu para recolher essas crianças; todos elas não conseguiram acessar o poder Celestial, então Ego os matou, até encontrar Quill. Ego usa Quill para ativar as mudas, que começam a consumir todo mundo. Quill é hipnotizado para ajudar Ego, mas consegue se recuperar depois que Ego revela que deliberadamente causou a morte de Meredith.

A empata de Ego, Mantis, fica muito próxima de Drax e avisa-o, Gamora e Nebulosa do plano de Ego ao mesmo tempo que Rocket, Yondu, Groot e Kraglin chegam. Os Guardiões reunidos alcançam o núcleo do planeta, onde o cérebro de Ego está alojado, e combatem os drones dos Soberanos. Rocket faz uma bomba com as baterias roubadas e Groot planta no cérebro de Ego, enquanto Quill luta contra Ego com seus novos poderes Celestiais para permitir que os outros Guardiões escapem. A bomba explode, matando Ego e fazendo com que o planeta se desintegre. Yondu sacrifica-se para salvar Quill, que se dá conta de que Yondu não o entregou a Ego para poupá-lo da morte, e que ele era o seu verdadeiro "pai". Tendo se reconciliado com Gamora, Nebulosa ainda opta por sair e tentar matar Thanos. Os Guardiões realizam um funeral para Yondu, que é assistido por dezenas de naves Saqueadoras, reconhecendo o sacrifício de Yondu e aceitando-o novamente como um Saqueador.

Em uma série de cenas no meio e no fim dos créditos, Kraglin testa os poderes da flecha de Yondu; o líder dos Saqueadores Stakar Ogord, inspirado pelo sacrifício de Yondu, se reúne com seus ex-companheiros de equipe; Ayesha cria um novo ser artificial com quem planeja destruir os Guardiões, nomeando-o Adam; Groot começa a crescer de volta ao tamanho normal, exibindo comportamento adolescente típico no processo; e um astronauta, interpretado por Stan Lee, discute várias experiências na Terra com um grupo de Vigias desinteressados.