2003 - 2004
Três meses se passam. Clark, “drogado” pela Kryptonita vermelha, vive uma vida de magnata em Metropolis, enquanto, em Smallville, todos o procuram desesperadamente. Jonathan faz um trato com Jor-El para poder encontrar Clark, o que lhe trará graves conseqüências.
Lex e Chloe descobrem um passado negro de Lionel Luthor, que faz de tudo para encobrir a verdade, inclusive colocar a vida de seu filho em jogo.
Clark e Lana vão se distanciando cada vez mais por conta de seus poderes, e isso atormenta até mesmo Pete, que resolve ir embora, para não revelar o segredo do amigo a ninguém, numa espetacular demonstração de uma leal amizade.
Uma temporada eletrizante, onde várias aparições especiais dão um ar a mais no seriado. Morgan Edge, Alicia Baker, Perry White e uma pequena alusão à Lois Lane.
Chloe consegue colocar Lionel na prisão, mas isso trará a ela e a Lex um preço muito alto, um preço mortal.
Lana resolve ir morar em Páris.
Clark descobre a verdade sobre Lex e sua obsessão pela vida do jovem fazendeiro.
Jor-El deixa Jonathan em coma e consegue “seqüestrar” seu filho.
Créditos da abertura da terceira temporada
Ator Papel
Tom Welling Clark Kent
Kristin Kreuk Lana Lang
Michael Rosenbaum Lex Luthor
Sam Jones III Pete Ross
Allison Mack Chloe Sullivan
John Glover Lionel Luthor
Annette O'Toole Martha Kent
John Schneider Jonathan Kent
Episódios terceira temporada
* 3.01 - Exile - Exílio
* 3.02 - Phoenix - Fênix
* 3.03 - Extinction - Extinção
* 3.04 - Slumber - Adormecido
* 3.05 - Perry - O Repórter
* 3.06 - Relic - Relíquia
* 3.07 - Magnetic - Magnetismo
* 3.08 - Shattered - Surto
* 3.09 - Asylum - Sanatório
* 3.10 - Whisper - Sussurro
* 3.11 - Delete - Apagado
* 3.12 - Hereafter - No Outro Mundo
* 3.13 - Velocity - Velocidade
* 3.14 - Obsession - Obsessão
* 3.15 - Resurrection - Ressureição
* 3.16 - Crisis - Crise
* 3.17 - Legacy - Legado
* 3.18 - Truth - Verdade
* 3.19 - Memoria - Lembranças
* 3.20 - Talisman - Talismã
* 3.21 - Forsaken - Renúncias
* 3.22 - Covenant - O Acordo