2002 - 2003
Pegando o gancho do último capítulo da 1ª temporada, o 2º ano de Smallville mostra todo o desfecho e as conseqüências causadas pelo tornado. Clark, de uma forma inacreditável, digna de um super herói, consegue salvar Lana, a tirando do tornado, com a ajuda de sua nave espacial, que sai para protegê-lo.
Lex também salva seu pai, mas ele acaba ficando cego.
Um retorno inesperado nesta temporada: Tina Greer, a metamórfica obsecada por Lana volta a Smallville na aparência de Whitney! Após Clark derrotá-la mais uma vez, Lana descobre que Whitney estava morto.
A relação de Clark e Lana se aprofunda ainda mais, após a morte de Withiney. Clark adquire uma nova habilidade: visão de calor, e se depara com um novo tipo de Kryptonita, a vermelha, que o afeta psicologicamente.
Ele conta seu segredo à Pete e começa a encontrar vestígios sobre sua misteriosa origem, ao conhecer o Dr. Virgil Swan, e à, finalmente, ter seu primeiro contato com o espírito de Jor-El, seu pai biológico.
Martha descobre estar grávida. Clark e Lana começam a namorar, o que causa a inimizade de Chloe, que promete a Lionel um dossiê sobre a história de Clark.
Clark se revolta contra Jor-El, que revela a ele que terá que deixar Smallville para cumprir seu destino. Num ato de rebeldia, ele destrói sua nave espacial, sem pensar nas conseqüências: Martha perde seu bebê.
Revoltado com tudo e com todos, Clark, usando um anel de Kryptonita vermelha, se exila em Metropolis, deixando Lana e sua família. Lex, que pareceu ter encontrado a mulher de sua vida, é enganado por ela após o casamento, e fica preso em um avião sem piloto, que cai no mar.
Créditos da abertura da segunda temporada
Ator Papel
Tom Welling Clark Kent
Kristin Kreuk Lana Lang
Michael Rosenbaum Lex Luthor
Sam Jones III Pete Ross
Allison Mack Chloe Sullivan
John Glover Lionel Luthor
Annette O'Toole Martha Kent
John Schneider Jonathan Kent
Episódios segunta temporada
* 2.01 - Vortex - Após a Tempestade
* 2.02 - Heat - Um Novo Poder
* 2.03 - Duplicity - A Revelação
* 2.04 - Red - Rebeldia
* 2.05 - Nocture - Poemas de Amor
* 2.06 - Redux -Sede de Juventude
* 2.07 - Lineage - Em Busca das Origens
* 2.08 - Ryan - A Volta de Ryan
* 2.09 - Dichotic - Duplo
* 2.10 - Skinwalkers - Mutantes
* 2.11 - Visage - Falsas Aparências
* 2.12 - Insurgence - Insurreição
* 2.13 - Suspect - Suspeito
* 2.14 - Rush - Pura Adrenalina
* 2.15 - Prodigal - O Filho Pródigo
* 2.16 - Fever - Febre
* 2.17 - Rosetta - Respostas
* 2.18 - Visitor - Visitante
* 2.19 - Precipice - Precipício
* 2.20 - Witness - Testemunha
* 2.21 - Accelerate - Acelerado
* 2.22 - Calling - O Chamado
* 2.23 - Exodus - Êxodo