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⺠Apesar do sucesso comercial, o grupo sofreu com processos e mudanças na formação. Embora Kibum tenha participado da promoção do Super Show 2, ele não participou dos shows, e a SM Entertainment anunciou que ele estaria deixando as atividades do grupo temporariamente para focar na sua carreira como ator.
Em outubro de 2009, Kangin foi acusado de dirigir sob influΓͺncia do Γ‘lcool, batendo e fugindo em seguida, em um tΓ‘xi estacionado com trΓͺs passageiros.
⺠Em dezembro do mesmo ano, Han Geng entrou na justiça com um pedido de término de contrato da SM Entertainment, alegando que as disposiçáes de seu contrato eram ilegais, e que feriam seus direitos. Ele saiu do grupo e começou uma carreira solo na sua terra natal, a China, em 2010. Ainda em dezembro, Kangin anunciou que se afastaria do grupo para cumprir os dois anos de serviço militar obrigatórios.
βΊ Com apenas dez membros, Super Junior lanΓ§ou seu quarto Γ‘lbum, Bonamana, em maio de 2010. Embora nΓ£o tenha sido bem recebido pela crΓtica como Sorry, Sorry, Bonamana ultrapassou a venda de 300,000 cΓ³pias na Coreia, batendo as vendas do Γ‘lbum anterior. Bonamana permaneceu no topo das paradas musicais asiΓ‘ticas, quebrando o antigo recorde do grupo.
βΊ Para promover o Γ‘lbum, Super Junior embarcou em sua terceira turnΓͺ pela Γsia, o Super Show 3, em 2010 e 2011.