Shakira é poliglota, além de falar espanhol que é sua língua materna, ainda é fluente em inglês e português e possui conhecimentos básicos de italiano e francês.
Academicamente a cantora iniciou o curso de “Introdução à História Ocidental: Antigas Civilizações”, na Universidade da Califórnia em Los Angeles em 2007. Shakira começou as aulas logo após o fim da sua turnê mundial, Oral Fixation. Seu empresário, Fifi Kurzman, disse à Associated Press, que se preocupa muito com sua educação e sempre se dedicou muito aos estudos, nem que fosse por conta própria ou com o auxílio de tutores. "Depois de uma longa turnê, eu precisava de um tempo pra mim", afirmou a cantora. "O universo é tão grande, eu não posso estar no centro dele. Resolvi ir para a universidade apenas para desacelerar e experimentar a vida como estudante", disse. A fim de evitar ser alvo da atenção dos paparazzi e dos demais estudantes, a cantora – que se chama Shakira Isabel Mebarak Ripoll – usava o nome Isabel, em vez de Shakira: "Eu costumava usar um boné e uma mochila grande. Eu parecia um menino. Não fui reconhecida. Algumas pessoas olhavam pra mim com desconfiança, outras me perguntavam, mas eu falava que meu nome era Isabel. Eu irei para a universidade outras vezes se puder”, completou.
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Shakira iniciou um relacionamento com o advogado argentino Antonio de la Rúa em 2000. Em uma entrevista de 2009, Shakira afirmou que sua relação já funcionava como um casal e que "eles não precisavam de papéis para isso". Depois de 11 anos juntos, Shakira e de la Rúa separaram-se em agosto de 2010 no que descreveu como "uma decisão mútua para dar um tempo, além do nosso relacionamento". Shakira escreveu que o casal "vê esse período de separação como temporário", com de la Rúa supervisionando os "negócios e interesses da carreira de Shakira como sempre fez". Como noticiado pela primeira vez em setembro de 2012, de la Rúa processou Shakira em abril de 2013, pedindo US$ 100 milhões; ele acreditava que o valor lhe era devido depois que Shakira terminou de repente sua parceria comercial com ele em outubro de 2011. Seu julgamento foi dispensado por um juiz do Tribunal Superior do Condado de Los Angeles em agosto de 2013.
Shakira entrou em um relacionamento com o jogador de futebol espanhol Gerard Piqué, zagueiro do FC Barcelona e a seleção espanhola em 2010. Eles se conheceram pela primeira vez na primavera de 2010, quando Piqué apareceu no videoclipe da música de Shakira "Waka Waka (This Time for Africa)", a canção oficial da Copa do Mundo FIFA de 2010. Shakira deu à luz o primeiro filho do casal, Milan Piqué Mebarak, em 22 de janeiro de 2013, em Barcelona, onde a família se instalou. Shakira deu à luz seu segundo filho, Sasha Piqué Mebarak, em 29 de janeiro de 2015. Em 2017 surgiram rumores de que Piqué e Shakira estariam se separando, mas o boato foi rapidamente desmentido pelo casal. Em junho de 2022 o casal anunciou oficialmente a separação, após uma traição por parte do atleta se tornar pública. Apesar de Shakira e Piqué terem vivido juntos por quase 12 anos, eles jamais se casaram oficialmente.
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