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O filme foi alvo de uma polêmica, sendo o motivo de um ação judicial do escritor francês de livros infantis Franck Le Calvez contra os estúdios Disney e Pixar. O autor acusa os réus de plagiarem o personagem “Pierrot”, herói de seu livro Pierrot, le Poisson Clown ("Pierrot, o Peixe-Palhaço", em tradução livre). O livro que conta as aventuras de Pierrot foi lançado em novembro de 2002, um ano antes da animação. Segundo Le Calvez, o personagem “Pierrot” existiria desde 1995, num desenho animado escrito pelo próprio autor, porém nunca realizado. De acordo com a rede BBC, o autor pedia a proibição de qualquer produto copiando a marca Pierrot, de criação sua e registrada nos organismos de defesa dos direitos autorais da França em 1995. O advogado de Le Calvez, Pascal Kamina, afirmou à agência de notícias France Presse, que há semelhanças também nos personagens coadjuvantes, como o peixe cirurgião e o camarão limpador. A Disney/Pixar negou a acusação.

Em abril de 2005, a justiça francesa deu ganho de causa à Disney e Pixar Animation. Ficou demonstrado que os personagens de "Procurando Nemo" já existiam no papel em 2000 (a produção começou após o lançamento de Toy Story 2, em 1999) e que o autor francês já sabia de sua existência quando registrou sua marca, caracterizando tentativa de fraude. Ele foi condenado a pagar 61 000 euros (ou 80 000 dólares) em danos e custas. Em março do mesmo ano, o autor já perdera outra causa. No caso, a corte francesa considerou que os dois personagens (Pierrot e Nemo/Marlin) eram semelhantes, ambos tinham um largo sorriso e três listras brancas na lateral do corpo, mas isso não era suficiente para caracterizar plágio. Nesta ação, o autor francês foi condenado a pagar 38 000 euros em danos à Disney e Pixar Animation, além de reembolsar as custas advocatícias das duas empresas e da editora francesa Disney-Hachette Editions, somando mais 69 000 euros de penalidade.