::: Episódio 1 - Scylla :::
Michael quer se vingar de Whistler e Gretchen, e durante sua caçada, descobre algo inacreditável. Lincoln e Michael se reunem novamente com seu grupo, e recebem uma proposta de um agente de segurança nacional. Mahone enfrenta uma perda devastadora e T-Bag é abandonado.
::: Episódio 2 - Breaking and Entering:::
Michael quer se vingar de Whistler e Gretchen, e durante sua caçada, descobre algo inacreditável. Lincoln e Michael se reunem novamente com seu grupo, e recebem uma proposta de um agente de segurança nacional. Mahone enfrenta uma perda devastadora e T-Bag é abandonado.
::: Episódio 3 - Shut Down :::
Michael e a equipe têm um dia para achar o próximo membro ou eles correm o risco de voltar para prisão. Mahone quer se vingar do Wyatt, que planeja extrair informações sobre o paradeiro de Sara, enquanto isso T-Bag acha uma saida para sua nova identidade e futuro.
::: Episódio 4 - Eagles and Angels :::
Michael, Lincoln e Sucre precisam se infiltrar na polícia para obterem o próximo cartão chave. Abalada por outra morte, Sarah tem uma recaída e não resiste a seus velhos hábitos. T-Bag desperta suspeitas e corre atrás de velhos “amigos“ no seu primeiro dia de trabalho.
::: Episódio 5 - Safe & Sound :::
A gangue tenta entrar em um cofre dentro do Departamento de Tesouro dos Estados Unidos, e Mahone continua a perseguir Gretchen.
::: Episódio 6 - Blow Out :::
Michael e a gangue seguem um portador do cartão até uma pista de corrida, enquanto Mahone é pego com uma coisa sem valor. Gretchen tem uma reunião de família, e Self fica no radar de Wyatt. T-Bag começa a decifrar o código de Whistler.
::: Episódio 7 - Five The Hard Way :::
Lincoln leva os membros do time até Las Vegas, onde Sucre recebe uma proposta indecente. Sara descobre sobre a condição de Michael, e Roland empurra sua sorte muito longe. Gretchen se junta a T-Bag, que faz uma oferta a Michael que ele não pode recusar. Equanto isso, os segredos no livro de pássaros de Whistler são finalmente revelados.
::: Episódio 8 - The Price :::
Lincoln segue até Pad Man para obter o sexto e último cartão; Michael e Roland fazem acordos com o diabo; Sarah confronta Gretchen; e o time perde um membro.
::: Episódio 9 Greatness Achieved :::
Wyatt sente um pouco do seu próprio veneno, e Mahone encontra uma resolução. T-Bag enrola quando a polícia investiga o desaparecimento do seu colega de trabalho enquanto Gretchen se aconchega com um homem da Companhia. A condição de Michael continua piorando, e um membro do time faz o último sacrifício enquanto a invasão subterrânea para Scylla.