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À exceção da argumentista Raelle Tucker que recebeu o Constellation Award de "Melhor Argumento de Ficção Cientifica de 2007" pelo episódio "What Is and What Should Never Be", a série, o elenco e a equipe técnica já foram nomeados várias vezes. O episódio piloto foi nomeado para dois Emmy em 2006, o compositor Christopher Lennertz foi nomeado na categoria de Melhor Banda Sonora Dramática. Os editores de som receberam uma nomeação de Melhor Edição de Som. Os mesmos foram mais tarde nomeados na mesma categoria em 2008 pelo episódio "Jus in Bello". O episódio piloto também foi nomeado para um Golden Reel Award na categoria de Melhor Edição de Som de Televisão. Os episódios "Salvatin" e "All Hell Breaks Loose, Part 2" foram nomeados na mesma categoria em 2007 e 2008. Além disso, a série também foi nomeada para um Saturn Award na categoria de Melhor Série em Canal Aberto em 2006, 2008 e 2009.

Também teve nomeações nos Teen Choice Awards de 2006 nas categorias de Programa de TV Revelação e Estrela de TV Revelação (Jensen Ackles). Vários anos mais tarde, a série foi nomeada para Série de televisão de Fantasia ou Ficção Científica. Jared Padalecki recebeu uma nomeação na categoria de Ator de televisão: Drama em 2007. Em 2009, a série foi nomeada para um People's Choice Award na categoria de Série de Ficção Científica ou Fantasia Preferida e também para um prêmio GLAAD na categoria de Melhor Episódio Individual (numa série sem uma personagem homossexual regular) pelo episódio da terceira temporada "Ghostfacers", acabando por vencer o People's Choice Award em 2010. O elenco não regular da série também já recebeu várias nomeações.

Em 2007, Colby Paul foi nomeado para um Young Artist Award na categoria de Melhor Ator de televisão (Comédia ou Drama) - Ator Convidado seguido em 2008 por Nicholas Elia na mesma categoria pelo episódio da terceira temporada "The Kids Are Alright" e Conchita Campbell pelo episódio "Playthings". Jessica Harmon foi nomeada em 2008 para um Leo Award na categoria de Melhor Atriz Convidada Numa Série de Drama pelo episódio da segunda temporada "All Hell Breaks Loose, Part 1", assim como Mandy Playdon que foi nomeada no ano seguinte pelo episódio "Family Remains". Em 2010 Os Constellation Awards nomearam Jensen Ackles e Misha Collins para Melhor Ator num Episódio de Ficção Cientifica de 2009 (pelos episódios da quinta temporada "The End" e "The Rapture", respectivamente), Alona Tal para Melhor Atriz Num Episódio de Ficção Científica de 2009 (pelo episódio "Abandon All Hope") e Sobrenatural para Melhor Série de Ficção Científica de 2009. No final de 2010, Sobrenatural venceu a capa da revista TV Guide, e no início de 2012 a série é indicada para duas categorias no People's Choice Awards, ganhando ambas. Em 2015, Misha Collins e Jensen Ackles levam o award do Teen Choise para Melhor Química da televisão, pelo casal não-oficial "Destiel".