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A equipe da primeira temporada consistiu de Kripke e outros cinco roteiristas, que ajudaram especialmente na pesquisa de lendas urbanas.[31] O tom da série foi muito influenciado por filmes como Poltergeist, onde os eventos paranormais ocorrem em um ambiente familiar ao invés de uma localização remota, Evil Dead II e Um Lobisomem Americano em Londres, onde, além do sobrenatural, há também uma boa dose de comédia. Comentando sobre o primeiro filme, Kripke acrescentou: "É a ideia de que o terror pode acontecer em seu próprio quintal. Quantos espectadores estão preocupados com um vampiro em um castelo abandonado?"[32] Outras influências incluem The Two Sisters os filmes de terror asiáticos The Eye, Ju-on e Ringu.[33] A partir da quarta temporada, com a introdução da mitologia cristã na trama, Kripke disse que se inspirou no poema épico Paraíso Perdido, de John Milton.[34] Kripke inicialmente não queria anjos para ser destaque em Supernatural, acreditando que Deus operou através de caçadores em vez de anjos.[35] No entanto, com tantos vilões demoníacos, ele e os roteiristas mudaram de ideia quando perceberam que a série precisava de anjos para criar uma "batalha cósmica". Como Kripke disse, "Nós tivemos o império, mas nós realmente não temos a rebelião".[36] Kripke sempre quis ter uma história com poucos personagens centrais, mas com grandes batalhas no fundo, comparável a Star Wars e O Senhor dos Anéis, e a introdução de anjos permitia isso a Supernatural.[37] Kripke descobriu que abriu muitas novas histórias.[36]

"Sempre foi uma série sobre a família, muito mais do que qualquer outra coisa. A mitologia é apenas um motor para levantar questões sobre a família. Um irmão mais velho cuidando de um irmão mais novo, querendo saber se você tem que matar a pessoa que você mais ama, a lealdade familiar contra a obrigação da família bem maior, em comparação com a felicidade pessoal... "

De acordo com Kripke, o objetivo original de Supernatural era concentrar-se apenas nos monstros semanais, com Sam e Dean sendo o único denominador comum em uma série de curtas-metragens de terror.[38] Seu único desejo era apenas "assustar as pessoas a fundo".[39] No entanto, em alguns episódios, Kripke e o produtor executivo Bob Singer perceberam a química na tela entre Jared Padalecki e Jensen Ackles. Essa revelação causou uma mudança na série, focando mais os irmãos que os próprios monstros, baseando o monstro semanal em torno do enredo que queriam para os Winchesters. Segundo Kripke, "... às vezes nós nem sequer temos o monstro até a maneira no final do intervalo, porque é mais importante focar os irmãos e a tensão e a ansiedade criada entre eles".[38]

Ao contrário de séries com a "mitologia infinita", como Lost, Kripke preferiu manter a mitologia de Supernatural simples, dizendo: "É tão difícil ir temporada após temporada, com um mistério e, em seguida, fornecer uma resposta que vai ser satisfatória." Ele optou ter a estrutura da série como o dos primeiros episódios de The X-Files, com episódios da mitologia baseada em propagação através de muitos episódios de autoincluído-Supernatural geralmente com três episódios de autofechado seguido por um episódio de mitologia. Com este formato, os telespectadores não precisam ter conhecimento prévio da mitologia, "podendo começar a acompanhar a série a qualquer momento".[40]