Em algum ponto da juventude Morgan foi casado, de acordo com uma entrevista de 1993 para a Playboy. Pouco se sabe sobre o casamento ou o porquรช do divรณrcio.
Morgan comeรงou a namorar sua parceira de Weeds, Mary-Louise Parker, e anunciaram que estavam noivos em fevereiro de 2008, porรฉm em abril do mesmo ano eles romperam o relacionamento.
Em 2009, Morgan iniciou um relacionamento com a atriz Hilarie Burton. Em marรงo de 2010 nasceu o primeiro filho do casal, Augustus Dean Morgan. Em fevereiro de 2018 tiveram uma filha, George Virginia Morgan. Em 5 de outubro de 2019, Morgan e Burton se casaram em uma cerimรดnia รญntima.
