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➥ Enquanto ainda membro dos One Direction, aos dezassete anos de idade, Malik teve um relacionamento curto com Geneva Lane em 2010, sua colega do The X Factor que na época era três anos mais velha que ele. Após o anúncio dos resultados no episódio final da temporada, eles foram fotografados a se beijarem, tendo o cantor confirmado no dia seguinte via Twitter o namoro, que terminou a 21 de Janeiro do ano seguinte. Pouco tempo após isto, agora com dezoito anos de idade, o artista iniciou outro relacionamento de quatro meses com Rebecca Ferguson. Este relacionamento gerou controvérsia na imprensa mediática pela sua diferença de cinco anos de idade em relação à Ferguson, que revelou o ter conhecido nos bastidores do The X Factor: "Levou algum tempo até que começamos a olhar um para o outro com segundas intenções. Não houve nenhum momento específico, apenas se desenvolveu com o passar do tempo." Quando o casal terminou em Julho de 2011, Ferguson declarou: "Eu e Zayn distanciámo-nos. Eu lhe desejo tudo de bom." Contudo, em outubro do ano seguinte, a cantora afirmou que o relacionamento "jamais deveria ter acontecido. Era um conceito errado logo desde o início. Terminou mesmo muito mal, e por isso já nem nos falamos mais. Não temos contacto algum." Em Maio de 2012, Malik iniciou um relacionamento com a cantora Perrie Edwards, membro do girl group britânico Little Mix, tendo oficializado o noivado no ano seguinte. Contudo, em agosto de 2015 o gerente do artista anunciou que o casal havia terminado o relacionamento. Seu relacionamento com Edwards foi marcado pelo facto de Malik ter sido acusado por quatro vezes de a ter traído, inclusive um caso em que a sua suposta amante tinha evidências em imagens do ocorrido. Após ter sido acusado por Edwards de ter terminado tudo com ela através de uma mensagem de texto, Malik respondeu: "Eu tenho muito respeito por Perrie para terminar qualquer coisa via mensagem de texto. Eu a amo muito, e sempre irei, e jamais terminaria nosso relacionamento de mais de quatro anos desse jeito. [...] Eu só quero que o público saiba que eu não fiz isso." Em Novembro de 2015, fora especulado pela imprensa que o cantor teria iniciado em fevereiro de 2016 um relacionamento com a modelo norte-americana Gigi Hadid, tendo ele confirmado tal facto em entrevista a Zach Sang. A sua primeira aparição conjunta após a confirmação do relacionamento foi a 2 de maio do mesmo ano no evento Met Gala, e mais tarde em uma campanha promocional para a edição de Maio de 2016 da revista Vogue. Ademais, a modelo fizera também uma participação no vídeo musical de "Pillowtalk", no qual eles se beijam.

Malik revelou ter uma paixoneta pela atriz norte-americana Megan Fox e uma paixão pelo cantor Justin Timberlake, tendo revelado ser fã da saga de livros Harry Potter e banda N'Sync, na qual Timberlake era membro. Além disso, tem aquafobia pois não sabe nadar. No filme One Direction: This Is Us (2013), Malik é visto a comprar uma casa para a sua família, afirmando que esse foi o propósito pelo qual ele sempre quis ser um artista bem sucedido, para que pudesse financiar a sua família. O artista tem três cães: Boris, Rhino e Marley. Um cão de ataque foi mencionado por ele em entrevista à revista Fader em Novembro de 2015, contudo, jamais fora fotografado. Os dois cães comprados por Malik e sua ex-noiva Edwards estão mantidos sob custódia dela. Ele considera os leões como o seu animal favorito, além de também ter gosto por gatos.
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